水利工程建设程序一般分为：项目建议书、可行性研究报告、施工准备(包括招标设计)、初步设计、建设实施、生产准备、竣工验收、后评价等阶段，各阶段工作实际开展时间可以重叠。
项目建议书、可行性研究报告、初步设计称为前期工作。项目的实施，应当经过基本建设程序完成立项手续。立项过程(手续)包括项目建议书和可行性研究报告阶段。
1.水利工程建设项目管理实行统一管理、分级管理和目标管理。实行水利部、流域机构和地方水行政主管部门以及项目法人分级、分层次管理的管理体系。
2.水利工程项目法人对建设项目的立项、筹资、建设、生产经营、还本付息以及资产保值增值的全过程负责，并承担投资风险。代表项目法人对建设项目进行管理的建设单位是项目建设的直接组织者和实施者。
3.可行性研究报告应对项目进行方案比较，对技术上是否可行和经济上是否合理进行充分的科学分析和论证，解决项目建设技术、经济、环境、社会可行性问题。申报项目可行性研究报告，必须同时提出项目法人组建方案及运行机制、资金筹措方案、资金结构及回收资金的办法。
4.由于工程项目基本条件发生变化，引起工程规模、工程标准、设计方案、工程量的改变，其静态总投资超过可行性研究报告相应估算静态总投资在15%以下时，要对工程变化内容和增加投资提出专题分析报告。超过15%以上(含15%)时，必须重新编制可行性研究报告并按原程序报批。
5.项目竣工验收后，一般经过1～2年生产(运行)后，进行项目后评价。
六个方面评价包括：①过程评价;②经济评价;③社会影响及移民安置评价④环境影响及水土保持评价;⑤目标和可持续性评价;⑥综合评价。
三个层次包括：项目法人的自我评价、项目行业的评价、主管部门(或主要投资方)的评价。项目后评价工作必须遵循独立、公正、客观、科学的原则，做到分析合理、评价公正。
6.水利工程建设项目应当具备以下条件，方可开展施工准备：(水建管[2017]177号文《水利部关于调整水利工程建设项目施工准备开工条件的通知》已发布2017年5月2日实施)
(1)建设项目可行性研究报告已经批准;
(2)环境影响评价文件等已经批准;
(3)年度投资计划下达或建设资金已落实。
7.要按照“政府监督、项目法人负责、社会监理、企业保证”的要求，建立健全质量管理体系。
水利工程项目法人(建设单位)、监理、设计、施工等单位的负责人，对本单位的质量工作负领导责任。
各单位在工程现场的项目负责人对本单位在工程现场的质量工作负直接领导责任。
各单位的工程技术负责人对质量工作负技术责任。具体工作人员为直接责任人。
8.建设项目管理“三项”制度为：项目法人责任制、招标投标制和建设监理制。项目法人是项目建设的活动主体，对项目建设的工程质量、工程进度、资金管理和生产安全负总责，并对项目主管部门负责。项目法人责任制主要是针对经营性建设工程项目，非经营性建设工程项目则参照执行。基础设施项目，除军事工程等特殊情况外，都要按政企分开的原则组成项目法人，实行建设项目法人责任制，由项目法定代表人对工程质量负总责。
9.一个制造商对同一品牌同一型号的货物，仅能委托一个代理商参加投标，否则应作废标处理。技术简单或技术规格、性能、制作工艺要求统一的货物，一般采用经评审的最低投标价法进行评标。技术复杂或技术规格、性能、制作工艺要求难以统一的货物，一般采用综合评估法进行评标。最低投标价不得低于成本。
10.监理招标不宜设置标底、一般不宜分标。如若分标，各监理标的监理合同估算价应当在50万元人民币以上。
11.招标分为公开招标和邀请招标。招标人不得将依法必须进行招标的项目化整为零，或者以其他任何方式规避招标。
12.有下列情况之一的水利工程建设项目勘察(测)设计，经批准后可采用邀请招标：
1)项目的技术性、专业性较强，或者环境资源条件特殊，符合条件的潜在投标人数量有限的;
2)如采用公开招标，所需费用占水利工程建设项目总投资的比例过大的;
3)公开招标中，投标人少于三个，或者所有投标均被评标委员会否决，需要重新组织招标的。
